Ludzki organizm zbudowany jest z 10¹³ komórek, zasiedla go jednak dziesięciokrotnie większa liczba mikroorganizmów – 10¹⁴ komórek. Tę znaczącą przewagę doskonale obrazuje fakt, iż my sami posiadamy 23 000 genów, natomiast liczbę genów mikroorganizmów żyjących w naszym organizmie szacuje się na około 3,3 mln.

Choć istnieje niewielka liczba podstawowych typów  bakterii występujących w jelicie, takich jak: Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria i Proteobacteria, to populacje drobnoustrojów różnią się u każdego z nas. Wpływ na to ma sposób porodu, w jaki przyszliśmy na świat (poród naturalny czy cesarskie cięcie), leki, jakie przyjmujemy i to, na co chorowaliśmy, ale także nasz styl życia, wiek i dieta.

Prawidłowa mikrobiota pełni bardzo ważną rolę w zachowaniu homeostazy organizmu. Niektóre gatunki bakterii wykazują działanie ochronne, zapobiegając namnażaniu się drobnoustrojów patogennych. Mikrobiota posiada zdolność pobudzania komórek tworzących nabłonek do wytwarzania i wydzielania przeciwciał IgA oraz białek, które posiadają aktywność antybakteryjną. Mikroorganizmy zasiedlające jelita biorą udział w trawieniu, wytwarzają także niezbędne witaminy z grupy B (np. tiamina, biotyna, kwas foliowy) i witaminę K.

Bardzo ważnym elementem dbania o mikrobiotę przewodu pokarmowego jest dieta. Powinniśmy spożywać różnorodne pokarmy, a przede wszystkim duże ilości warzyw i owoców ,takich jak na przykład: korzeń cykorii, banany, suszone śliwki, fasola, brokuły, ale także produkty pełnoziarniste, takie jak: ryż niełuskany, makaronpełnoziarnisty, grube kasze (kasza pęczak, jaglana, gryczana), pieczywo pełnoziarniste, płatki jęczmienne i owsiane. Produkty z tych grup zawierają znaczne ilości błonnika pokarmowego, który nie jest trawiony przez enzymy naszego układu pokarmowego. Błonnik pełni w organizmie wiele ważnych funkcji, w tym m.in. moduluje skład mikrobioty jelit. Niektóre z gatunków bakterii rozkładają błonnik na korzystne dla człowieka substancje, co pomaga m.in. utrzymać prawidłowy poziom cholesterolu, insuliny oraz trójglicerydów. To pokazuje, że błonnik może mieć znaczenie w ograniczeniu ryzyka wystąpienia wielu chorób, m.in. chorób serca i cukrzycy.

Kolejnym przykładem żywności, która ma istotne znaczenie dla zachowania prawidłowego funkcjonowania mikrobioty jelitowej są produkty fermentowane. Możemy wyróżnić produkty fermentowane mleczne oraz warzywne. Przykładami takich produktów są: kefir, niektóre jogurty, twarogi, ogórki kiszone i kapusta kiszona. Żywność fermentowana jest bardzo cennym źródłem bakterii fermentacji mlekowej, zawiera znaczne ilości tych korzystnych drobnoustrojów (na przykład bakterie z rodzaju Lactobacillus, Bifidobacterium).

Naukowcy donoszą, że związkami roślinnymi, które mają pozytywny wpływ na nasze zdrowie i bakterie zasiedlające nasze jelita są polifenole. Mogą obniżać ciśnienie krwi, przeciwdziałać stresowi oksydacyjnemu i nie są trawione przez człowieka. Część z nich dociera do jelit, gdzie mogą być fermentowane przez bakterie tam występujące. Polifenole możemy znaleźć w: gorzkiej czekoladzie, kakao, winogronach, winie, czy zielonej herbacie.