W największej liczbie przypadków biegunkę można leczyć w domu, jednak w niektórych okolicznościach wymaga pobytu w szpitalu. Należy zgłosić się do lekarza w przypadku każdej z wymienionych sytuacji współtowarzyszącej biegunce: dziecko ma mniej niż 2 miesiące, cierpi na chorobę przewlekłą (np. cukrzycę), ma przedłużające się wymioty, dużą objętość biegunkowych stolców i w opinii członka rodziny może być odwodnione. W przypadku oceny odwodnienia można kierować się utratą masy ciała, jeśli wynosi powyżej 10% oznacza stan ciężki, który wymaga hospitalizacji. Lekarz po zebraniu wywiadu i ocenie dodatkowych parametrów, m.in. stanu ogólnego, wyglądu oczu i śluzówek, sposobu oddechu, elastyczności skóry czy tzw. powrotu włośniczkowego, może stwierdzić o konieczności hospitalizacji.

Każda biegunka może doprowadzić do odwodnienia. Im mniejsze dziecko, tym szybciej może nastąpić. Dlatego podstawowym krokiem w postępowaniu będzie podaż doustnego płynu nawadniającego (DPN). Jest tak samo skuteczne, jak nawadnianie dożylne. DPN powinien mieć w składzie sód (sól), nie musi zawierać glukozy czy innych składników (np. aminokwasów lub składników mineralnych). Jeśli dziecko ma powyżej 2 lat i łagodnie nasiloną biegunkę można podawać rozcieńczony sok jabłkowy, a później inne ulubione napoje. Dobowa podaż płynów zależy od masy ciała dziecka i wynosi:

• przy masie 1-10 kg – 100 ml na każdy kilogram masy ciała,
• przy masie 10-20 kg – 1000 ml + 50 ml na każdy kilogram powyżej 10 kg,
• przy masie > 20 kg – 1500 ml + 20 ml na każdy kilogram powyżej 20 kg.

Po każdym biegunkowym stolcu (lub wymiotach) należy podać dodatkowo 5-10 ml DPN na każdy kilogram masy ciała dziecka. Najlepiej, żeby płyny podawać w małej objętości, mogą być podawane przez słomkę albo strzykawką.  

Jeśli uda się zapewnić odpowiednie nawodnienie, można pomyśleć o właściwym żywieniu. Nie zaleca się stosowania specjalnych diet w czasie ostrej biegunki (np. łatwostrawnej, bez laktozy, zatwardzającej). Na pewno warto ograniczyć podaż napojów o dużej zawartości cukru (np. soków), ponieważ mogą wzmagać biegunkę. Karmienie piersią powinno być utrzymane, a żywienie dostosowane do wieku dziecka. Trzeba wziąć pod uwagę fakt, że w czasie biegunki, a tym bardziej biegunki przebiegającej z gorączką i wymiotami, apetyt może być zmniejszony i nie powinno się karmić dziecka na siłę. Można podawać produkty dobrze w danym momencie tolerowane i chętnie zjadane.

Podaż niektórych preparatów farmaceutycznych może wspomóc leczenie biegunki. Skutecznie działają niektóre szczepy probiotyków, wskazuje się przede wszystkim dwa: bakterie Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) i drożdże Saccharomyces boulardii. Bardzo ważna jest ich odpowiednia ilość w preparacie – zbyt niska po prostu nie zadziała (w przypadku LGG powyżej 10¹⁰ na dobę, a w przypadku drożdży 250-750 mg na dobę). Najlepiej stosować je 5-7 dni. Można rozważyć również stosowanie smektynu dwuoktanościennego. Nie zaleca się podawania na własną rękę węgla aktywowanego czy innych leków przeciwbiegunkowych, które w przypadku choroby przebiegającej z biegunką mogą utrudnić jej rozpoznanie.